北宋皇室优渥道教，政府主持编修《道藏》并首次将其刻板刊行，其间张君房摘录《道藏》编成了类书《云笈七签》。这段时间道教发展的一大特征是新道派的涌现，中国北方出现了全真道、太一道和真大道，南方出现了金丹派南宗、天心、神霄、清微、净明等新道派。当中王重阳创立的全真道在元代兴盛显贵，成一大宗。随着元朝统一，金丹派在“全真”名义下南北统宗，符箓派归聚于“主领三山符箓”的龙虎山天师旗下，自此道教形成了“全真”和“正一”两大道派。

明代初年，张三丰的传奇和明成祖对玄天上帝的尊崇促成了湖北武当山武当道的兴起。明代政府主持编修的《正统道藏》和《万历续道藏》，是古代《道藏》中唯一的全藏传本。道教信仰和文化深入明代社会，广泛影响了戏曲、小说、诗词、音乐、绘画等创作。

清代皇室对道教远不及前代尊崇，使道教力量凝聚在民间发展，例如清政府没有主持编修《道藏》，但道门却搜访道经增辑为《道藏辑要》。全真道方面，顺治和康熙年间，王常月开坛说戒为明代以来沉寂已久的全真道带来了中兴。清代知名的全真高道还有陕甘的刘一明、江南的闵一得等。正一道方面，知名的道士当数获雍正帝封赏的娄近垣。